Web12. apr 2024 · 2. tophat2和hisat2 3. STAR 4. tophat2, hisat2, STAR的比对算法 (*算法) ## 第3部分 RNA-Seq的定量 1. 几种常用的指标 - FPKM - RPKM - TPM - CPM 2. TPM与FPKM的比较 3. RSEM的原理 (*算法) ## 第4部分 寻找差异表达基因 0. RNA-Seq差异统计检验的基本假设 1. 基于FPKM：cuffdiff的使用与统计学原理 (*算法) 2. 基于count：edgeR的使用与统计学原 … Web2. mar 2024 · HISAT2是TopHat2/Bowti2的 继任者 ，使用改进的 BWT算法 ，实现了更快的速度和更少的资源占用。 TopHat2已经就不再维护 ，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。 HISAT利用大量FM索引，以覆盖整个基因组。 下面一段话是tohat2官网的说明： HISAT2 is a successor to both HISAT and TopHat2\. We recommend that the …

生物信息百Jia软件（21）：hisat2 - 知乎

Web碱性水通常具有较高的碱度和pH，严重影响水生动物的正常生理过程，例如直接抑制鱼类的氨排泄并增加CO2排泄[2]。尽管如此，仍有一些鱼类可以在高碱的环境中生存[3]，如肯尼亚马加迪湖的马加迪罗非鱼(Alcolapiagrahami)[4]、美国金字塔湖的美洲鲑 ... Web29. okt 2024 · 分析流程 拿到数据后首先需要对数据进行质控，这里使用fastp。 这篇文章介绍的比较清楚： [链接1]。 使用hisat2进行序列比对，输入文件为测序数据fastq (gz)文件，输出文件为sam文件，额外需要基因组索引文件，需要到hisat2官网 [链接2]下载。 1 2 3 4 5 6 hisat2 -p 8 -x ref/grch38/genome -1 sample_1.fq.gz -2 sample_2.fq.gz -S sample.sam - … half diminished chords

都2024了仍然有人转录组走tophat加cufflinks流程 - 知乎

Web该流程以NGS得到的SRA文件作为输入，通过拆分reads、fastqc质控、tophat2比对，然后 Cufflinks 利用Tophat比对的结果（alignments）来组装转录本，估计这些转录本的丰度，并且检测样本间的差异表达及可变剪接。 RNA Hisat2-Stringtie analysis process 二代基因组测序即Next Generation ... Web24. sep 2024 · Tophat2的原作者们也不知道是出于什么考虑，不再更新Tophat2，转而开发了一个新的比对工具HISAT2，更是推荐人们使用HISAT2，声称其速度更快，内存占用率 … WebHisat2是一款专门用于转录组数据的比对软件，它可以快速、准确地将RNA-Seq的reads比对到参考基因组上，同时支持剪切位点的识别和转录本的重构。. 本文将介绍Hisat2的基本原理、安装方法和使用步骤，希望对转录组分析的初学者有所帮助。. Hisat2的基本原理. Hisat2 ... half diminished chord chart